Genoomtestimine Eesti lihaveisekarjades on veel üsna “lapsekingades” ja seega ei pruugi meie sellekohased postitused väga paljusid kasvatajaid üldse kõnetada. Seda vajalikum tundub meile jagada oma pisukest kogemust neile, keda teema huvitab ja kes moel või teisel selle teekonna oma karjas plaanivad ette võtta.
Kuigi püüame asju võimalikult lihtsalt selgitada, on teema keeruline ja mahukas ning seetõttu otsustasime jagada info kolme postitusse.
Esimeses loos räägime genoomtestimisest üldisemalt ja tutvustame EvaLim testi. Teises postituses keskendume geneetika eripäradele ning kirjeldame paari näite varal testide kasutuskogemust seemenduste ja paarituste planeerimisel. Kolmadas osas teeme juttu sellest, kuidas võiks genoomtestid aidata teha paremaid valikuid loomade selektsioonis.
EvaLim test Prantsusmaal
2019. aasta sügisel tegime ome esimesed katsetused EvaLim genoomtestide tellimisega Prantsusmaalt, Ingenomixi laobrist. Selleks julgustas meid hea sõber Carina Hansson Rootsist, Odreup Limousin farmist. Umbes samal ajal tegi testimisega algust ka Andres Vaan Topi talust.
Kui Eestis piirdub geenitestide tegemine vaid põlvnemisandmete kontrollimisega DNA baasil, siis mujal maailmas on see oluline tööriist, mis lisaks põlvnemisele võimaldab uurida loomade aretuslikku potentsiaali juba väikese vasikana. Väheoluline pole ka võimalus tuvastada geneetilisi mutatsioone (nudisus, topeltlihastus, geneetilised haigused).
Tänaseks on Eesti Li kasvatajad kokku tellinud Prantsusmaalt üle 300 SNP meetodil tehtud analüüsi! Meie sealhulgas – oma farmi loomadele – 120 täistesti (34 pulli + 86 emaslooma). Viimased paar aastat oleme saanud seda teha ETKÜ vahendusel, kes on meie ametlik esindaja testide tellimisel ning seetõttu oleme saanud teste tellida ka märksa soodsamalt kui alguses.
Geenitest kui üks mitmest töövahendist
Paraku pole olemas üht ja täiesti töökindlat mõõdikut loomade aretusliku potentsiaali hindamiseks, seega saab kõige parema tulemusi erinevaid tööriistu kombineerides. Lisaks EvaLim testidele on meie “tööriistakastis” Ameerika päritolu karjahaldustarkvara “Cattle Max”, temperamendi hindamise andmed, ETKÜ poolt läbi viidud lineaarse hindamise tulemused ning fotoarhiiv, mis sisaldab väärtulikku kogu kõikidest meie karjas olevatest loomadest erinevates kasvu ja arengufaasides.
Loodame, et meie “tööriistakastis” leiavad aina kindlama koha ka Eesti JKK keskuse poolt käivitatud geneetilise aretusväärtuse (EBV – estimated breeding value) hindamise tulemused, mis kõigi Liisu kasutajate jaoks on juba mitu aastat kättesaadavad ning mille kaudu võrrerldakse Eesti tõuloomi Interbeef rahvusvahelise aretusväärtuste andmekoguga.
Mis vahe on geneetilisel aretusväärtusel ja genoomaretusväärtusel?
JKK andmebaasis esitletav geneetiline aretusväärtus on andmete kogum, mida meie erialases terminoloogias tuntaks kui looma eeldatavat aretusväärtust (EBV – estimated breeding value). Tehniliselt on tegemist kindla metoodika alusel töödeldavate poegimis- ja jõudlusandmetega, mida kogutakse kõigi jõudluskontrollis olevate loomade kohta. Nii moodustuvad EBV indeksid, mis baseeruvad looma kohta kogutud andmetel ja mõjutavad omakorda kõiki teisi, temaga põlvnemise kaudu seotud loomi. Seega on poegimis- ja jõudlusandmete esitamise korrektus kriitilise tähtsusega EBV indeksite usaldusväärsuses.
Genoomaretusväärtuse (GEBV – genomic estimated breeding value) peamine eelis EBV ees on kiirus ja parem täpsus mitmete tunnuste puhul, millel on madal pärilikkus või mida on eriti raske või kulukas mõõta . Kui EBV usaldusväärsus kujuneb suhteliselt pika aja ja suure andmehulga põhjal, siis GEBV saab iga kasvataja oma loomale tellida läbi DNA analüüsi juba vasikana. See seotakse konkreetse looma identideediga ning selle tellimine Prantsusmaalt võtab aega umbes kaks kuud.
Erinevaid meetodeid võrreldes on jõutud järeldusele, et genoomtestimine omab parimat ennustusväärtust aretusliku potentsiaali määramiseks ja seda eriti noorte loomade puhul, näiteks tõupulli kandidaate või asenduslehmikuid valides.
Võimalus näha looma “sisse“
Meie jaoks on kahtluseta genoomtestide kõige suurem väärtus saada aimu looma emaomaduste kohta. Kui poegimisvõimekuse osas on võimalik mingilgi moel lisainfot hankida välimiku hindamise läbi (laudja pikkus, nurk jne), siis piimakuse ja sigivuse kohta on peaaegu võimatu mõistlikku hinnangut saada enne kui seda näitab poegimiste ja järglaste jõudluse statistika. Kasv ja lihakus seevastu on juba vasikana väga hästi välimikust ja kaalunumbritest nähtav ning sünnikerguse osas annab looma peakuju ja kondistruktuur ka enamasti õige suuna kätte.
Ent miks on nn emaomaduste ennustamine aretuses sedavõrd tähtis? Uuringud näitavad, et erinevad omadused on geneetiliselt väga erinevalt järglastele edasikanduvad. Kõige lihtsamini liiguvad järgmisesse generatsiooni looma kasvu, lihakuse ja poegimiskergusega seotud näitajad. Kõige raskemini on saavutatav piimakuse ja poegimisvõime pärandumine ehk nende omaduste päritavus on kõige väiksem.
Kõrvalolevast tabelist on näha EvaLim genoomtestis käsitletavate erinevate omaduste päritavus (heritability). Samuti genoomtesti ennustuslik täpsus erinevate omaduste puhul (predicted/real correlation).
EvaLim ketas ja skoorid
Kuna oleme põhilise osa EvaLim teste tutvustavat informaterjali lisanud ka oma veebilehele, siis ei hakka me selles postituses testi tehniliselt olemusest pikemalt rääkima, vaid keskendume eelkõige selle kasutuskogemusele ning selle käigus tekkinud mõttearendustele. Seega lisame siia ainult kuvad testi esilehest koos põhiliste selgitustega, mida üks või teine värvisektor või joongraafik tähendab. Kõigil, kes soovivad teemaga põhjalikumalt tutvuda, leiavad infot klikkides kõrval oleval logol.
Järgnevalt on näha KR HEDI testi raporti esileht. 2022. aasta suveni testi tulemuste esitlemisel kasutatud versioon on esitatud vasakul pildil. HEDI uuendatud testipilt on toodud paremal joonisel. Kuna samal ajal uuendati ka analüüside võrdluseks olevat referentsbaasi, siis muutus nii tõu keskmine skaala (tume joon sektorite sees) ja ka HEDI skooride väärtused.
EvaLim skoorid ja IBOVAL indeksid
Andmekogumine Li tõugu aretusloomade kohta tõu sünnipaigas Prantsusmaal on mitmekihiline ja mastaapne. Seda tehakse loomapidamise kõigis ettappides alates sünnifarmist kuni lihatööstusteni. Prantsusmaa kõige klassikalisem geneetilise aretusväärtuse indeks (EBV) on IBOVAL, mille alusel on võrreldavad kõik Li tõugu loomad ning mis on ka üks peamisi alusindekseid nende müügil. Nii nagu kõik EBV-d, on ka IBOVALi tulemused pidevas muutumises, sest jõudlus ja poegmismandmed looma enda ja tema lähisugulaste kohta täienevad pidevalt.
EvaLim testide analüüsiraporti vorm sisaldab endas alati ka metoodikat, kuidas IBOVAL indekseid EvaLim skoorideks teisendada ja vastupidi. See loob meile võimaluse ühtlustada mõõdikute süsteemi ja võrrelda loomi ka siis, kui neil on olemas ainult üks või teine tulemuste kogum (paljudel vanematel pullidel on olemas vaid IBOVAL indeksid, nooremaid pulle esiteletakse Prantsuse müügikataloogides nii IBOVAL indeksite kui EvaLim skooride kaudu)
Järgnevalt on näha väljavõte spermapull EREBOS indeksitest (sh ka IBOVAL) ettevõtte SYNETICS veebilehel. Kõrval pildil EvaLim skooride teisendamise tabel.
Lisaks selektsioonile kasutame genoomtestidest saadavat infot kõige rohkem seemenduste ja paaritusgruppide planeerimisel. Oleme võtnud sihiks, et paaritusse jõudvad loomad oleksid kõik testitud ning see võimaldab valida sobivaima paarid – kas siis samuti EvaLim testi abiks võttes, või siis IBOVAL indekseid EvaLim skoorideks teisendades.
Aga paarituste ja seemenduste planeerimisest juba järgmistes postitustes.
